不同固液界面下氨基酸的吸附自由能和熵焓的分子动力学模拟计算任务书

 2022-01-17 09:01

全文总字数:2741字

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

本课题通过研究苏氨酸在不同固液界面下的吸附自由能和熵焓的控制机理,来探究蛋白质和肽与无机表面之间的相互作用。

1. 理解分子模拟的基本概念、原理,了解模拟软件;2. 了解掌握固液界面下氨基酸的吸附自由能和熵焓控制机理及研究的最新进展;3. 熟悉分子动力学模拟软件gromacs的基本知识,操作步骤,并学会使用;4. 合理安排实验进程,工作时间不迟到早退;5. 实验认真仔细,对实验现象进行详实的记录,定期对实验数据进行总结分析,调整实验方案;6. 工作积极主动,善于思考,做好实验室安全卫生工作。

2. 实验内容和要求

(1)、认真查阅课题相关文献搜索相关资料,认真阅读高质量文献,对石墨烯和羟基磷灰石有所认识,了解其结构结构、性质、制备方法及主要应用方向,并对其研究进展进行总结,发现所需克服难题,提出自己的认识;(2)、在总结文献及小组前期工作的基础上,能够运用软件设计出苏氨酸、石墨烯和羟基磷灰石的构型,并能够设计出模拟体系的最终构型;(3)、学会运用模拟软件进行简单的模拟。

通过分子动力学模拟,运用软件设计出氨基酸、石墨烯板、羟基磷灰石板的构型,并且设计出模拟体系的最终构型。

对模拟的数据进行处理计算,得到其熵焓,并分析总结相关结果;(4)、研究苏氨酸在不同固液界面下的吸附自由能和熵焓的控制机理。

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3. 参考文献

[1] Shoji Mitsuo, Hanaoka Kyohei, Ujiie Yuzuru, et al. A QM/MM study of the L-threonine formation reaction of threonine synthase: implications into the mechanism of the reaction specificity. [J]. Journal of the American Chemical Society,2014,136(12).

[2] Z E HUGHES, T R WALSH. What makes a good graphene-binding peptide? Adsorption of amino acids and peptides at aqueous graphene interfaces [J]. Journal of Materials Chemistry B, 2015, 3(16): 3211-3221.

[3] C M WELCH, A N CAMDEN, S A BARR, et al. Computation of the binding free energy of peptides to graphene in explicit water [J]. Journal Of Chemical Physics, 2015, 143(4): 10238-10246.

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4. 毕业设计(论文)计划

1、2021.1.25~2021.3.13,文献调研,开题报告2、2021.3.13~2020.5.20,开展实验工作3、2021.5.20~2021.5.25,中后期实验阶段及数据收集4、2021.5.25~2021.6.3, 数据整理,撰写论文,准备答辩

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