开发基于序列的酶学高通量注释系统任务书

 2022-02-02 09:02

全文总字数：1008字

1. 毕业设计（论文）的内容和要求

1. 掌握brenda数据库相关的文献2. 使用多重序列比对工具对brenda中特定酶系进行聚类分析3. 使用blast系列软件构建brenda中特定酶系的数据库4. 应用所构建的数据库对若干基因组进行酶学注释评估。

2. 实验内容和要求

1. 编辑python脚本，构建本地化（特定brenda子集中的）酶子库的聚类分析平台。

2. 构建隐马尔可夫模型，搭建本地化的酶学注释平台3. 分析若干海洋微生物基因组（比如marref数据库），对其中的特定酶系进行表征，结合其它在线酶学表征方法，评估该表征。

3. 参考文献

1. Chang, A., et al., BRENDA, the ELIXIR core data resource in 2021: new developments and updates. Nucleic Acids Res, 2020.2. Jeske, L., et al., BRENDA in 2019: a European ELIXIR core data resource. Nucleic Acids Res, 2019. 47(D1): p. D542-D549.3. Mount, D.W., Using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). CSH Protoc, 2007. 2007: p. pdb top17.4. Eddy, S.R., Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 1998. 14(9): p. 755-63.5. Finn, R.D., J. Clements, and S.R. Eddy, HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Res, 2011. 39(Web Server issue): p. W29-37.

4. 毕业设计（论文）计划

2月中旬-3月中旬：文献检索、数据准备3月中旬--5月中旬：聚类分析，建模。

5月中旬--六月上旬：论文写作

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