二倍体植物的转录组数据分析任务书

 2022-02-27 09:02

1. 毕业设计(论文)的内容、要求、设计方案、规划等

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。

转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

基于Illumina高通量测序平台的转录组测序技术使能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本,识别可变剪切位点。

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2. 参考文献(不低于12篇)

[1]. Mutasa-Gottgens ES, Joshi A, Holmes HF, Hedden P, Gottgens B: A new RNASeq-based reference transcriptome for sugar beet and its application in transcriptome-scale analysis of vernalization and gibberellin responses. BMC Genomics 2012, 13:99.

[2]. Wei W, Qi X, Wang L, Zhang Y, Hua W, Li D, Lv H, Zhang X: Characterization of the sesame (Sesamum indicum L.) global transcriptome using Illumina paired-end sequencing and development of EST-SSR markers. BMC Genomics 2011, 12:451.

[3]. Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I, Adiconis X, Fan L, Raychowdhury R, Zeng Q, et al: Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nat Biotechnol 2011, 29:644-652.

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