44株不同来源的大肠杆菌的多位点序列分型任务书

 2022-11-20 10:11

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

理解pcr的原理,学会PCR扩增技术、电泳技术和制作pcr模板,会操作灭菌锅、移液器、PCR仪、电泳仪和image lab。了解菌种保藏和活化,培养基的配置、倒平板和划线培养细菌。学会利用NCBI查找目标菌种所属,利用MLST对测出的目标序列做分型分析。

2. 实验内容和要求

熟练掌握菌种活化及分离操作,能够运用PCR扩增技术得到产物,利用电泳技术分析目标DNA条带,判断退火温度的设置是否合适;理解所有操作和技术的原理,熟练操作相关的各种仪器,自主查找文献了解国内外对大肠埃希菌管家基因的MLST分析结果;在实验过程中遇到问题能够自主分析,通过控制变量来检测问题根源。

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3. 参考文献

浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析

某院产ESBLs大肠埃希菌多位点序列分型研究

人源与动物源大肠埃希菌的同源性分析

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4. 毕业设计(论文)计划

一月份开始学习基础的PCR和凝胶电泳的原理及操作。

二月和三月开始试验不同目标引物的46株菌种模板的退火温度,了解菌种的保藏,学会活化菌种,平板划线培养细菌,制作成模板。会用image lab分析电泳条带,判断该模板的退火温度是否合适,记录结果。

4月开始送样给测序公司测出序列并且拼接,将返还的保守基因序列的结果整理好,利用NCBI网站查找模板的具体菌种是什么,再将序列输入到MLST网站上获得等位基因编码ST号,将所有大肠杆菌看家基因的ST号汇总好后输入MLST网站上做对位分析,再利用MEGA软件进行系统发育树图绘制。将数据和图表整理好,开始撰写论文。

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