基于网络嵌入的药物-靶标相互作用预测算法研究任务书

 2022-01-14 08:01

全文总字数:1476字

1. 毕业设计(论文)主要内容:

利用开源数据库,搜集并整理相关药物-靶标数据;构建网络,提取基于网络拓扑属性的相关特征;基于网络嵌入及相关NLP知识,搭建训练模型,以获取对应网络节点的嵌入特征; 融合相关特征,结合机器学习算法、推荐算法,实现药物-靶标预测任务;验证预测结果的有效性,并与其他相关算法相对比。编程语言可选择Python,R,C/C 等。本选题具有一定难度,期待你的挑战!

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2. 毕业设计(论文)主要任务及要求

1.查阅15篇相关文献(不少于3篇外文文献),并每篇书写200—300字文献摘要(装订成册,带封面);2.认真填写周记,完成至少1500字开题报告;3.完成5000中文字以上的相关英文专业文献翻译,并装订成册(中英文一起,带封面);4.完成系统的编码与调试;5.完成10000字以上的毕业论文;6.进行论文答辩。

3. 毕业设计(论文)完成任务的计划与安排

(1)2020/1/13—2020/2/28:确定选题,查阅文献,外文翻译和撰写开题报告;(2)2020/3/1—2020/4/30:系统架构、程序设计与开发、系统测试与完善;(3)2020/5/1—2020/5/25:撰写及修改毕业论文;(4)2020/5/26—2020/6/5:准备答辩。

4. 主要参考文献

[1] CHEN X, YAN C C, ZHANG X T, et al. Drug-target interaction prediction: databases, web servers and computational models [J]. Briefings in Bioinformatics, 2016, 17(4): 696-712.[2] WANG L, YOU Z H, CHEN X, et al. A Computational-Based Method for Predicting Drug-Target Interactions by Using Stacked Autoencoder Deep Neural Network [J]. Journal of Computational Biology, 2018, 25(3): 361-73.[3] ANUSUYA S, KESHERWANI M, PRIYA K V, et al. Drug-Target Interactions: Prediction Methods and Applications [J]. Curr Protein Pept Sci, 2018, 19(6): 537-61.[4] LEE I, NAM H. Identification of drug-target interaction by a random walk with restart method on an interactome network [J]. Bmc Bioinformatics, 2018, 19[5] CHEN X, LIU M X, YAN G Y. Drug-target interaction prediction by random walk on the heterogeneous network [J]. Molecular Biosystems, 2012, 8(7): 1970-8.

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