基于FPGA的基因序列比对与组装算法计算加速研究任务书

 2022-01-13 09:01

全文总字数:1001字

1. 毕业设计(论文)主要内容:

基因序列的比对与组装拼接过程是一个大量字符串处理的计算过程,其计算负荷极大。通常需要数百台服务器进行联合计算,计算数周时间才能得到结果,计算时间与计算能耗均较大。

若能设计一种针对基因序列比对与组装计算的硬件加速专用系统,进行比对与组装算法的计算,将可极大地缩减计算过程的时间,并同时降低计算过程能耗,此种研究对于生物与农业界具有重要价值。

本课题基于FPGA平台,设计一种针对基因序列比对与拼接的硬件加速电路,通过该电路优化基因大数据计算过程时间,并降低计算过程能耗。

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2. 毕业设计(论文)主要任务及要求

1. 阅读15篇相关文献(不少于3篇外文文献),并每篇书写200~300字文献摘要(装订成册,带封面);

2.认真填写周记,完成至少1500字幵题报吉(“设计的目的及意义”至少800汉字;“基本内容和技术方案”至少400汉字;进度安排应尽可能详细;教指导教师意见应包含:学生的调研是否充分?基本内容和技术方案是否已明确?是否已经具备幵始设计(论文)的条件?能否达到预期的目标?是否同意进入设计(论文)阶段?);

3.完成5000中文字以上的相关英文专业文献翻译,并装订成册(中英文一起,带封面);

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3. 毕业设计(论文)完成任务的计划与安排

2020/02/28:完成基础知识学习,并撰写开题报告。

2020/03/15:提出设计方案,并完成方案验证。

2020/04/15:提出技术路线,并完成技术实现。

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4. 主要参考文献

Turakhia, Y., Bejerano, G., Dally, W. J. (2018, March). Darwin: A genomics co-processor provides up to 15,000 x acceleration on long read assembly. InACM SIGPLAN Notices(Vol. 53, No. 2, pp. 199-213). ACM.

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