基于共进化分析的持续性内切纤维素酶的理性改造任务书

 2022-01-29 06:01

全文总字数:3024字

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

课题简介持续性内切酶(Processive endoglucanase)作为一种特殊的双功能纤维素水解酶,不但具有内切葡聚糖酶的水解特性,还表现出外切葡聚糖酶持续性水解的能力,为减少纤维素降解的酶成本提供了可能。

蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链。

在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电相互作用、范德华力等.因此,对残基之间远程相互作用的准确预测将有助于对蛋白质空间结构的预测,进而有助于对蛋白质生物学功能的了解.在蛋白质进化过程,有相互作用残基对之间存在一种共进化模式,即当一个残基发生变异时,与其有相互作用的残基也要发生相应的变异,以维持相互作用,进而维持整体空间结构以及生物学功能。

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2. 实验内容和要求

实验内容:1. 共进化分析软件的使用2. 纤维素酶活力的测定3. 薄层层析法分析水解产物实验要求:1. 熟练掌握无菌操作技术。

2. 能够独立完成菌株的诱导与表达。

3. 对突变酶进行最适温度,最适pH以及温度稳定性,pH稳定性的测试。

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3. 参考文献

1. Wu B , Zheng S , Pedroso M M , et al. Processivity and enzymatic mechanism of a multifunctional family 5 endoglucanase from Bacillus subtilis BS-5 with potential applications in the saccharification of cellulosic substrates[J]. Biotechnology for Biofuels, 2018, 11(1):20.2. Cao L , Li S , Huang X , et al. Enhancing the thermostability of highly active and glucose-tolerant β-glucosidase Ks5A7 by directed evolution for good performance on three properties[J]. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2018.3. Ibrahim, Torktaz, Ali, et al. Rational engineering of Cel5E from Clostridium thermocellum to improve its thermal stability and catalytic activity.[J]. Applied microbiology and biotechnology, 2018.4. Wang X , Jing X , Deng Y , et al. Evolutionary coupling saturation mutagenesis: Coevolution‐guided identification of distant sites influencing Bacillus naganoensis pullulanase activity[J]. FEBS Letters, 2020, 594.5. Ekeberg M , Lvkvist C , Lan Y , et al. Improved contact prediction in proteins: Using pseudolikelihoods to infer Potts models[J]. Physical Review E, 2013, 87(1-1):012707.6. Marks, Debora, S, et al. Protein 3D Structure Computed from Evolutionary Sequence Variation.[J]. PLoS ONE, 2011.7. Jing-Jing, Chen, Xiao, et al. Site-Directed Mutagenesis of a β-Glycoside Hydrolase from Lentinula Edodes.[J]. Molecules (Basel, Switzerland), 2018.8. 张海仓,高玉娟,邓明华,郑伟谋,卜东波.蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述[J].计算机研究与发展,2017,54(01):1-19.9. 林栋,叶波平,郑珩.应用信息论方法分析蛋白质中共进化残基[J].药物生物技术,2007(04):281-286.10. Akbarzadeh A,Pourzardosht N,Dehnavi E,et al. Disulfide bonds elimination of endoglucanase II from Trichoderma reesei by site-directed mutagenesis to improve enzyme activity and thermal stability: An experimental and theoretical approach[J]. International Journal of Biological Macromolecules,2018,120:1572-1580.11. Taylor L E,Knott B C,Baker J O,et al. Engineering enhanced cellobiohydrolase activity[J]. Nature Communications,2018,9(1).

4. 毕业设计(论文)计划

1.2021.2-2021.3 文献检索,进行课题的前期调研2.2021.3-2021.4 共进化分析软件的使用及关键位点的筛选3.2021.3-2021.4突变体的构建与表达3.2021.4-2021.5 突变体酶的酶学性质4.2021.5-2021.6 毕业论文的撰写

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