基因组挖掘指导下长枝木霉MD33萜类合酶(TrTPSL)的克隆及生物信息学分析任务书

 2022-01-30 07:01

全文总字数:2562字

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

1.文献查阅及综述撰写阅读相关文献,了解长枝木霉研究进展,萜类合酶(TrTPSL)的研究进展包括植物,微生物、基因簇分布和构成分析、简单介绍常用分子生物学和生物信息学软件(NCBI数据库)分析的相关内容,撰写文献综述,完成开题。

2.明确实验任务,制定实验计划根据所查阅文献的相关内容,确定实验内容及方案,制定科学可行的研究计划。

3.进行课题研究利用生物信息学手段对长枝木霉MD33参考基因组进行萜类基因簇分布和构成分析,从中筛选出参考萜类合酶基因,根据同源性原则设计引物克隆MD33萜类合酶,利用生物信息在线分析软件对其进行理化性质分析,为后续进一步功能验证及构建高效表达工程菌株奠定基础。

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2. 实验内容和要求

1.实验内容 1)利用antiSMASH 5.0软件对长枝木霉MD33参考基因组菌株Trichoderma longibrachiatum ATCC1864进行倍半萜类代谢物基因簇预测分析2)提取MD33真菌基因组,设计特异性引物克隆萜类合成酶基因TrTPSL3)PCR产物和质粒的重组、转化及提取4)利用NCBI,Proparam,SignalP 4.1 server等在线数据库对测序结果进行基本理化性质分析 2.实验要求1)学会分子生物学基本操作,引物设计,基因克隆;2)学会一种生物信息学分析软件。

3. 参考文献

[1] 高允允,王秋艳,黄黎锋,等.萜类微生物生物合成研究进展[J].杭州师范大学学报(自然科学版),2012, 4(11): 15-23

[2] 尤超,赵大球,等.PCR引物设计方法综述[J].现代农业科,2011(17): 48-51

[3] 张新宇,高燕宁,等.PCR引物设计及软件使用技巧[J].生物信息,2004,2(4):15-18

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4. 毕业设计(论文)计划

2020.12.30-2021.2.25: 确定课题,查阅文献,提交开题报告。

2021.2.26-2021.4.15: 学习使用antiSMASH 5.0软件分析倍半萜类代谢物基因簇,设计引物克隆萜类合成酶基因。

2021.4.16-2021.5.19: PCR产物和质粒的重组、转化及提取,在线数据库分析测序结果。

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