水稻和拟南芥RIO非典型蛋白质激酶家族的生物信息学分析任务书

 2023-05-24 10:05

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

1.掌握植物基因家族成员的鉴定、系统发育和表达分析方法。

2.鉴定出水稻和拟南芥基因组中的RIO基因,明确其进化历史与机制,及在不同组织器官中的表达情况。

2. 实验内容和要求

1. 水稻和拟南芥RIO基因的系统鉴定。通过关键词搜索、BLAST比对等手段鉴定出水稻和拟南芥RIO家族所有成员;

2. 基因复制事件和系统发育分析。通过分析OsRIO家族、AtRIO家族的基因复制事件和系统发育关系,明确该家族的进化历史与机制;

3. 基因表达模式分析。通过EST和芯片数据分析,明确OsRIO、AtRIO基因在不同组织器官中的表达模式。

3. 参考文献

[1]. Nicole LaRonde-LeBlanc, Alexander Wlodawer. The RIO kinases: An atypical protein kinase family required for ribosome biogenesis and cell cycle progression[J]. BBA - ProteinsProteom., 2005,1754(2):14-24.

[2]. Michaela Angermayr, Wolfhard Bandlow. an extraordinary novel protein kinase [J]. FEBS Lett., 2002, 524(1): 31-36.

[3]. Michaela Angermayr, Andreas Roidl, Wolfhard Bandlow. Yeast Rio1p is the founding member of a novel subfamily of protein serine kinases involved in the control of cell cycle progression [J]. Mol. Microbiol., 2002, 44(2): 309-324.

4. 毕业设计(论文)计划

2022年11月-2022年12月,查阅相关文献,熟悉各种生物信息学数据库和软件;

2022年1月-2022年3月,完善技术路线,开展各种分析;

2022年4月-2022年5月,分析和整理实验结果,撰写论文。

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